不平等条约研究一直是外交史研究的一个重要内容。新世纪以来,关于不平等条约特权制度的研究又有了新的进展。近代中国究竟签订了多少不平等条约,以往流行总计1182个的说法。有学者对不平等条约的标准进行了认真讨论,并逐个审视近代约章,得出近代中国总计签署343个不平等条约的结论。这一数字虽难称精确,但应是离准确最近的研究。(30)李育民主编的《中外条约与近代中国研究丛书》对近代中外条约进行了全面系统的研究。有学者跳出现有的废约史框架下对近代中外条约关系进行了重新审视,有学者对租借地特权和领水主权进行了专门探讨,有学者专门研究了中国参与国际化的努力,还有研究者跳出了平等与否的范围,探讨不平等条约与近代中国社会的发展这一更为宏大的问题。(31)

　　在对不平等条约的研究继续深化的同时,学界开始关注到中国废除不平等条约的努力。《中国废除不平等条约的历程》系统探讨了这一历史进程,首次为中国的废约历程搭建起了一个具体而严密的框架。《中国废约史》将废约的起点追溯到晚清时期,并将中国共产党对废约的贡献纳入研究视野。《被“废除不平等条约”遮蔽的北洋修约史》则集中探讨了北洋时期的修约外交,并指出此后修约或废约外交的重要影响。(32)新近的研究注意将废约与当时的政治发展结合起来进行考察。(33)

　　思想史的研究也经历一个深化过程。此前的研究多以思想家个案为主,从90年代初开始,思潮研究异军突起、蔚成风尚,一些重要思潮,如民族主义、社会主义、自由主义、激进主义、文化保守主义、国家主义、无政府主义、三民主义、西化思潮、现代新儒学等的专题研究取得了丰硕成果,出版了一大批著作。随着研究的发展和深入,思潮史研究也由宏观研究向更为具体的专题研究拓展,这也为更好地把握近代中国思想史演化的轨迹提供了更广阔的视角和空间。思潮是某一时期具有群体特性的思想倾向,反映了该时期普遍的民众心理和思想文化的发展方向,以思潮史构架近代思想史的研究框架无疑具有突破性的学术意义。

　　在思潮史研究蔚成风尚的同时,学术思想史研究也逐渐成了学术热点,近代学术史流变中的传统学术思想的近代走向和现代学术之建立等问题已引起越来越多的学者的关注。这股学术史研究热在兴起之初,便显示出了强劲的势头,至今仍然有其强大的生机与活力。张岂之主编的《中国近代史学学术史》、李学勤主编的《中国学术史》(多卷本)等一批重要的学术史著作也先后面世。

　　罗志田、桑兵等突破了旧有的学术史研究路径,以更为宽阔的视野来观察近代学术的发展,擅长从社会的变迁、思想的变迁、西学的冲击中,探讨近代学术的发展,同时注重学人在学术史中的主体地位,展现出鲜活的丰富的近代学术史,有力地推动了近代学术史研究。(34)

　　受西方观念史、新文化史、社会史等研究理论和方法的影响,90年代以来尤其是新世纪以来,中国近代思想史研究的一个新的趋向,就是研究视线的下移,将社会生活与思想史相关的领域纳入视野,从广阔的社会生活背景中去考察近代思想的发展历程,越来越多的学者把他们的兴趣和精力转到了观念史研究、思想文化与社会转型研究、近代中国知识分子研究、新文化史与思想史结合研究以及报刊史研究等领域,并取得了丰硕成果。(35)在观念史研究方面,先后发表和出版了一大批研究“民族”“国家”“民主”“自由”“科学”“国民”“公民”“个人”“社会”“革命”等中国近代新名词、新词汇的成果。在思想文化与社会转型研究方面,学术界改变了过去的那种非新即旧的“二元对立”的思维模式,开始关注“新中有旧、旧中有新”的社会与思想的复杂关系,并通过对新旧变迁的社会格局当中“权势转移”的讨论,将思想史与社会史有机联系在一起。2008年出版的《近代中国文化转型研究丛书》(耿云志主编),是这一时期研究思想文化与社会转型的标志性成果。