转入火箭导弹专业后，祁载康加倍努力学习，把之前没有学过的专业课补上。一次，他在学习钱学森早期发表的一篇关于弹道导弹摄动控制方面的论文时，发现文中的一个结论不太正确，而这篇论文当时已被收入钱学森的经典著作《工程控制论》中。仔细阅读后，祁载康还发现钱学森在论文中提到一位数学家推导的结论与自己不同，并认为其结论是错误的。

　　一贯治学严谨的祁载康并没有放过这个疑问，为彻底搞明白，他查阅了大量资料，找到了那位数学家的推导，并决定按照钱学森的方法重新推导。经过反复验证，他最终发现钱学森在推导过程中疏漏了一个变分项，导致漏掉了一个推力的变分，当把那个推力的变分加上去后，就跟数学家推导的一致了。得出这个验证结果，祁载康既兴奋又忐忑。

　　作为“中国导弹之父”的钱学森在28岁时就成为世界知名的空气动力学家。回国后，他领导中国国防防空事业取得巨大成就。当时，钱学森不仅身兼国防部第五研究院的院长等多个职务，也是中国最著名的科学家之一，《工程控制论》一书也被奉为业界经典。年仅24岁的研究生祁载康，作为一个刚刚进入火箭导弹科学领域的青年学生，与大师泰斗之间相差甚远。

　　对这个学术错误，应该如何处之？祁载康的回答是实事求是。带着对自己结论的自信，凭着一股坚持真理的韧劲和初生牛犊的冲劲，他直接给钱学森写了一封信，说明自己发现的问题，并向钱学森虚心请教。

　　之后的结果，既令他意想不到，又让他备受鼓舞。信寄出去没过几天，钱学森的秘书找到祁载康，诚恳转达了反馈意见：钱学森承认自己的论文确实有误，并表示错误一定会在《工程控制论》再版时改过来；请祁载康把信的内容整理为一篇论文；希望这封信及回信发表在由钱学森亲自创办的国防部五院的内部学术刊物《研究与学习》1963年第8期上，以此鼓励更多年轻人向他学习。

　　在之后的科研生涯中，每次谈起钱学森的回信，祁载康总是感慨万千：“谁都有可能出错。这么大的科学家，要他承认错误很不容易，一般到此为止，我就觉得很满意了，但他还要暴露错误，这才是一个真正科学家的态度。”

　　大科学家的精神和行动，深深影响了初出茅庐的祁载康的治学态度和科研生涯。研究生毕业后，他留校任教，毕生投入飞行力学与控制领域的研究，成为北京工业学院飞行器设计学科的带头人，为我国国防尖端科技做出重要贡献，没有辜负钱学森的殷切期望。

　　1978年底，党的十一届三中全会召开，当改革开放的春风吹遍神州大地，全国科技工作者也迎来了科学的春天。次年，北京工业学院飞行器工程系首次派出两名教师赴美学习，一直坚持科研工作和英语学习的祁载康有幸入选，并以访问学者的身份来到美国威斯康星大学，从事最优控制理论应用研究。1986年，他被聘为比利时空间研究公司高级研究员及三级运载火箭“Big Bird”控制系统主任设计师。

　　当历史的车轮来到上世纪90年代，世界格局迎来剧烈变化，伴随着苏联解体和冷战结束，中国的改革开放和国防建设也迎来前所未有的挑战。正是在这样的背景下，1991年，祁载康毅然放弃国外的优厚待遇，回到中国、回到母校，再度投身一生钟爱的国防科技事业。

　　回到学校工作的祁载康，除了面临与国外工作、生活的巨大落差，更肩负着振兴学科专业的使命与责任。上世纪90年代初期，飞行器工程系不少老教师相继退休，青年教师群体也受到经济大潮的冲击，系里的队伍建设、教学质量、教材编写和平台建设均受到不小的影响。

　　面对困难，祁载康迎难而上，凭着出色的学术成就，被聘为“自动控制理论及应用”专业教授、兵器制导系统技术学科群首席专家，引领学科建设。1993年12月，他被国务院学位委员会批准为博士生指导教师。在他的领导下，学校导弹设计和火箭导弹发射技术两个专业成功通过国务院学位委员会学科评议组博士学位授予点审核，其中导弹设计专业更是成为国防院校中第一个被批准设立的博士学位授予点；飞行器工程系建成了包含本硕博三个层次在内，完整的导弹设计人才培养体系。