针对当前水环境生态治理的技术应用领域中存在的问题，冒建华认为中国的水环境生态治理问题具有特殊性，“世界上从来没有哪个国家存在像中国这么严重的黑臭水体问题。极大的人口和产能规模带来了巨大的污染负荷，同时不平衡的发展状况和资源分布也让中国不同区域的水环境问题各有差异，在此前提下水环境治理技术往往都存在局限，因此针对性的研究与技术集成应用成为了水环境治理成功的关键。”

　　而且，冒建华说在水环境治理中存在两个误区：一是认为污水处理厂提升水质处理标准后，水环境质量就能达标;二是生态基础设施的净化能力被片面夸大。整体上来看，城市环境发展水平的下限是由灰色基础设施决定的，而上限是由生态基础设施决定的。灰色基础设施是水环境治理成功的基础，生态基础设施则发挥着提高与升华的作用。“当水体污染浓度较低时，植物或微生物的净化功能或许能够解决水体污染问题，而当水体污染浓度很高时，植物或微生物自身的存活都是个问题，还能指望它们起到净化作用吗?”

　　生态系统不是用来“消减污染”的，而是用来充当缓冲和发挥调节功能的，因此应在水体得到一定的净化后，再让生态系统来发挥作用。而且，只有当污染治理到一定程度时，生态景观的作用才能突显——这也是欧洲、日本等国家和地区的生态环境更好，或者他们管理得更好的原因。并不是因为这些国家建了某些湿地公园，环境就变好了，而是因为他们的灰色基础设施比中国完备得多，而且对于居民的环境教育普及也更到位。

　　他还强调，应用市场缺乏对于技术的必要判断能力。现在市场上有成百上千种新兴的水环境治理技术，其中不乏一些优秀的技术，但同时存在大量片面夸大效果或者对应用环境界定不清的情况，这不但不利于推动技术发展，反而会造成业内对这类技术的不当应用，甚至造成资源浪费。